A Loxone Config az a program, amiben a rendszer valójában elkészül. Itt derül ki, hány bemenet és kimenet van, itt kapnak nevet a helyiségek, itt kötjük össze a kapcsolót a lámpával és itt állítjuk be, mit csináljon a ház napfelkeltekor vagy távozáskor. A kész programot a szoftver tölti fel a Miniserverre.
A szerkesztő grafikus: a funkcióblokkok téglalapok, amiket virtuális vezetékekkel kötünk össze. A gyakori feladatokra kész blokk van (árnyékolásautomatika, helyiség-hőmérséklet szabályozás, riasztó, zenelejátszás), így a tipikus családi ház logikája sablonokból áll össze, a különlegesebb igények pedig egyedi logikából.
A szoftver ingyenes és bárki letöltheti, de a projektfájl a rendszer lelke: enélkül egy meglévő Loxone rendszer csak visszaolvasással módosítható. Ezért kell az átadáskor a projektfájlt is megkapni és biztonságos helyen tárolni.